۲.۱ مهارکننده تریپسین (TIA) - کل رژیم غذایی را کاهش می‌دهد

تریپسین آنزیم اصلی هضم پروتئین در حیوان است. TIA فعالیت آن را سرکوب می‌کند و نتیجه آن محدود به پروتئین سویا نیست: قابلیت هضم هر منبع پروتئینی در رژیم غذایی، از جمله پودر ماهی گران‌قیمت، کاهش می‌یابد. پروتئین هضم نشده به روده بزرگ منتقل می‌شود، جایی که به عنوان سوبسترا برای تخمیر میکروبی عمل می‌کند و آمونیاک و آمین تولید می‌کند که به نوبه خود رشد را کند می‌کند.

۲.۲ پروتئین‌های آنتی‌ژنیک (گلیسینین و بتا-کونگلیسینین) - یک پاسخ آلرژیک

این دو پروتئین ذخیره‌ای در حیوانات جوان به عنوان آلرژن عمل می‌کنند. آن‌ها به اپیتلیوم روده آسیب می‌رسانند و باعث استرس اکسیداتیو و التهاب می‌شوند که از نظر بالینی به صورت اسهال، کاهش مصرف خوراک و توقف رشد بروز می‌کند. بیشتر «اسهال ناشی از کنجاله سویا» پس از شیرگیری در خوکچه‌ها به آن‌ها برمی‌گردد.

۲.۳ الیگوساکاریدها (استاکیوز و رافینوز) - مشکل از هر دو طرف

خوک‌ها و میگوها فاقد آلفا-گالاکتوزیداز هستند و به سادگی نمی‌توانند این الیگوساکارید‌ها را هضم کنند، که باعث دو مشکل می‌شود. اول، آنها به روده‌ی عقبی می‌رسند و توسط باکتری‌ها تخمیر می‌شوند، گاز تولید می‌کنند و خطر اسهال را افزایش می‌دهند. دوم، آنها یک اثر اسمزی در روده‌ی کوچک ایجاد می‌کنند و آب را به داخل مجرا می‌کشند؛ محتوای آب هضم شده افزایش می‌یابد، سرعت عبور افزایش می‌یابد و مواد مغذی قبل از جذب شدن دفع می‌شوند، بنابراین قابلیت هضم بیشتر کاهش می‌یابد.

لکتین سویا نگرانی دیگری است: به پرزهای روده متصل می‌شود و باعث آسیب مکانیکی می‌شود و سطح جذب را کاهش می‌دهد.